وی در خانوادهای از مشایخ کرد بدنیا آمد. از همان نوجوانی به یادگیری موسیقی سنتی ایرانی و موسیقی کردی پرداخت.
اولین اجرای ضبط شده استاد متعلق به دههٔ سی است که در رادیو سنندج و به زبان فارسی اجرا کرده است. او دانشآموختهٔ فیزیک از دانشگاه تهران است و قبل از ورودش به سازمان رادیو و تلویزیون ملی ایران دبیر دبیرستانهای تهران بود. از او بیش از ۲۵۰ آواز فولکلوریک ضبط و ثبت شده است. مظهر خالقی تا قبل از مهاجرتش به انگلستان و سپس اقامتش در کردستان عراق درسمت مدیر کل تلویزیون سنندج و کرمانشاه فعالیت کرد. وی از ۱۳۵۰ تا ۱۳۵۷ رئیس رادیو و تلویزیون کرمانشاه بود. در این دوران فعالیتهای موسیقی ارکستر رادیو کرمانشاه رونق گرفته و خوانندگان و نوازندگان مطرح کرد با رادیو کردی کرمانشاه به همکاری پرداختند.